Un des initiateurs du mysticisme et de l'ésotérisme qui allaient alimenter les écoles de ninjutsu fut connu, au Ville siècle, sous le nom de Kukai, fondateur de la doctrine Shingon. Il aurait voyagé sur le continent et bénéficié de l'enseignement de yogis venus du Cachemire en Chine et de Keikwa Ajari, disciple du légendaire Bodhidharma (Daruma en japonais), ce moine indien dont l'ascèse serait à l'origine des célèbres moines-guerriers de Shaolin-Su et du bouddhisme zen. De l'enseignement de Kukai subsistera surtout le Mikkyo, la tradition occulte inspirée du tantrisme indien et des pratiques lamaïques : les mudra, jeux symboliques des doigts, et les mantra, répétition de formules incantatoires.
Une symbiose s'opéra entre certains clans qui vivaient traditionnellement dans la montagne et les moines qui s'y réfugièrent après s'être opposés à l'autorité de l'empereur et devinrent les redoutables Yamabushis à la fin de la période de Héian (XIIe siècle).
Le mysticisme de ces "moines des montagnes" se heurta aux conceptions religieuses plus officielles qui prédominaient dans la plaine et à la cour impériale. La lutte contre les ninjas prit, à certaines époques, des allures de chasse aux sorcières et de guerre de religion. Il entra de plus en plus dans la stratégie ninja d'accentuer l'aspect mystérieux de leurs pratiques et l'aura de maléfice et de terreur irrationnelle qui entourait les ninjas fut soigneusement entretenue par eux-mêmes.
Certaines techniques dérivées des exercices yogis pouvaient aider le ninja à mieux contrôler son rythme cardiaque, sa respiration sous eau et à demeurer immobile de longues heures, guettant le relâchement de sentinelles ou le découragement des hommes lancés à sa poursuite. Nager sous eau à une époque où la natation était quasi inconnue, utiliser un bambou comme tuba, traverser une rivière sur de minuscules radeaux... furent à l'origine des légendes les plus fantastiques.
Certaines techniques dérivées des exercices yogis pouvaient aider le ninja à mieux contrôler son rythme cardiaque, sa respiration sous eau et à demeurer immobile de longues heures, guettant le relâchement de sentinelles ou le découragement des hommes lancés à sa poursuite. Nager sous eau à une époque où la natation était quasi inconnue, utiliser un bambou comme tuba, traverser une rivière sur de minuscules radeaux... furent à l'origine des légendes les plus fantastiques.
