Les clans

Retranchés dans la montagne avec les Yamabushis dont il partagèrent longtemps l'existence, les Ninjas étaient organisés en clans, selon un modèle proche des Bushis. Chacun de ces clans/familles possédaient des techniques et des enseignements secrets transmis de générations en générations. Par crainte de voir ces secrets révélés, aucun Ninja ne pouvait quitter son clan/sa famille sous peine de mort, et pour la même raison, encerclé un Ninja se donnait la mort aussitôt.

70 familles Ninja étaient présentes dans la province de Iga et 50 dans la province de Koga près de Hikone, sur le lac Biwa. Les plus grands clans étaient fidèles à quelques seigneurs qu'ils servaient régulièrement et en priorité. Ce qui amena la présence de certains chefs Ninjas dans l'entourage direct du seigneur, sous l'apparence de Bushis Hatamoto ( garde personnelle ).

Ainsi Hanzo Hattori, général conseiller de Tokugawa Ieyasu, était en fait le chef d'un des plus puissants clans d'Iga. Il avait sauvé la vie de Ieyasu lors de l'assassinat de Nobunaga en 1582. La rivalité qui a toujours existé entre les clans Iga et Koga dura jusqu'à la fin. Tokugawa Ieyasu employa les survivants des deux écoles et confia aux Ninjas de Iga sa défense personnelle, alors que les Ninjas de Koga assurèrent les fonctions de police civile. Toutes ces forces disparurent avec la restauration Meiji.